Le Vignoble de Pouilly semble attesté pour la première fois sous la forme de "Pauliacum super fluvium ligerim" dès le Vème siècle.
Le vignoble de Pouilly/Loire connut un véritable essor grâce aux congrégations religieuses, notamment aux Bénédictins. Sur l'un des coteaux qui surplombent la Loire, une parcelle d'environ 4 hectares a conservé l'appellation de "LOGE AUX MOINES".
La fin du Xlème siècle vit un grand nombre de seigneurs locaux partir guerroyer en terre sainte et pour financer leur croisade, vendre leurs biens : c'est ainsi que le fief de Pouilly fut cédé aux Bénédictins de La Charité pour la somme de "3 100 sous et un marc d'argent".

Au XIIème siècle, le vin de Pouilly est déjà très réputé.
Un fabliau intitulé "La bataille des vins" vante les meilleurs crus de France et notamment ceux de Pouilly, lesquels jouissent déjà, à cette époque, d'une bonne renommée.

Depuis le XVIème siècle, le transport des vins s'effectuait par la Loire, malgré les difficultés occasionnées par le gel ou la débâcle des glaces, les crues ou les basses eaux. L'ouverture du canal de Briare, en 1642, orienta résolument le commerce vers Paris.

Vers 1860-1862, le raisin de table, expédié en paniers vers la capitale, offrait un marché important. La production de raisin de table de Fontainebleau, et des espaliers de Thomery étant devenue insuffisante pour approvisionner les Halles de Paris, les mandataires se sont tournés vers un vignoble proche, déjà producteur de chasselas, et qui plus est, desservi par le chemin de fer (arrivé à Pouilly en 1861).

Après la crise phylloxérique, la délimitation de l'aire de production est réalisée en 1929. Les crus de Pouilly retrouvèrent leur notoriété passée, et leur qualité sera entérinée par l'obtention de deux Appellations d'Origine Contrôlée en 1937 :

• POUILLY-SUR-LOIRE pour le cépage chasselas
  
• BLANC-FUME DE POUILLY ou POUILLY FUMÉ pour le cépage sauvignon.